Una estructura de sistema de archivos de un sistema operativo es el nivel más básico de organización. Casi siempre un sistema operativo interactúa con sus usuarios, aplicaciones y modelos de seguridad que dependen de la manera en que almacena los archivos en un dispositivo de almacenamiento primario (normalmente una unidad de disco duro). Por varios motivos, es muy importante que los usuarios, así como los programas para la instalación y demás, sean capaces de referirse a unas pautas comunes para saber donde escribir y leer los archivos binarios, la configuración, registro y otros archivos.
Un sistema de archivos se podría resumir en términos de dos categorías diferentes de archivos:
archivos compartibles vs. no compartibles
archivos variables vs. estáticos
Los archivos compartibles son aquéllos a los que se puede acceder desde varios hosts; mientras que los archivos no compartibles no están disponibles a todos los hosts. Los archivos Variables pueden cambiar en cualquier momento sin una intervención del gestor de sistemas; los archivos estáticos, tales como documentación de sólo lectura y binarios, no cambian sin una actuación por parte del administrador de sistemas o de una agente que el administrador de sistemas haya escogido para realizar esta tarea.
El hecho de que estos archivos sean vistos de esta manera es para ayudar a correlacionar la función del archivo con los permisos otorgados a los directorios que los sostienen. El modo en que el sistema operativo y sus usuarios interactúan con un archivo dado determina el directorio en el cual estos archivos estan ubicados, si ese directorio está montado como de sólo lectura o sólo escritura y el nivel de acceso que cada usuario tiene a ese archivo. El nivel superior de esta organización es crucial, como el acceso a los directorios inferiores pueden estar restringidos o se pueden manifestar problemas de seguridad si el nivel superior es dejado sin organizar o sin una estructura ampliamente usada.
No obstante, el hecho de tener simplemente una estructura no significa mucho a menos que ésta sea estándar. Las estructuras competitivas pueden causar más problemas de los que solucionan. Por esta razón, Red Hat ha escogido la estructura de sistema de archivos usada más ampliamente y la ha extendido ligeramente para acomodar los archivos especiales usados en Red Hat Linux.